毒舌的批评家们一直以来就认为，进化生物学这门学问说得再高深，充其量也就是“乱猜”——不过事实却恰好与此相反。最近，一批进化生物学者才确定了之前大量无法解释的现象时如何参与到人类进化的进程中的——从解剖学，生理机能，胚胎学和行为学等角度。当然，并不是所有的问题都被解决了，就目前而言，仍然有很多无法解释的现象，其中一个最突出的就是“同性恋的起源”（Origins of Homosexuality）。

这个问题听起来简单，但是它却难倒了世界上该领域内中最杰出的头脑。

首先说说这个问题本身。

对于任何一个特性，要参与到进化过程中的一个必要因素就是要和繁殖过程产生关联，更详细地说，就是成功地让相关基因流传到下一代。所以，如果说同性恋是进化过程的产物——并且它确实是——那么和同性相互吸引相关的遗传因素必定会从人对同性的偏爱中获得某种生殖上的益处。这样一来问题就很明显了：众所周知，同性恋比异性恋的后代要少，并且技术上来说，同性恋是无法进行繁殖的，那么为什么自然选择没有将同性恋从进化中“抹去”呢？

而这个悖论在那些性向独一（exclusive）的同性恋人群身上显得尤其矛盾；他们完全没有任何异性恋倾向。同样，就算是在双性恋身上，这个悖论仍然是奏效的，因为对于整个人类来说，一点微不足道的变化都可能引起潜在的进化进程变化。

种群遗传学的奠基人之一，约翰·伯顿·桑德森·霍尔丹（J.B.S.Haldane）有一个很著名的理论，该理论假设有两种交替性存在的基因，其中一种可以在99.9%的人口身上找到，而另一种则在剩下的0.01%身上找到。之后他又计算到，如果这种罕见的基因仅有1%的遗传优势，那么在4,000代之后——这个数字在整个进化过程中可以说不值一提——这种微弱的优势或许能够“反转”。就像收取“复利”的道理一样，在人种间互相交配几千代之后，这种基因在遗传苦中已经不再罕见。

从人类利益的角度考虑，这一点的意义相当重大。举个例子，男同性恋与数量相同的男异性恋相比，生育率只有后者的20%。目前我还没有看到可靠的女同性恋的相关数据，不过我想结果应该也是类似的。除此之外，和坚决的异性恋者相比，双性恋的“繁殖产出率”也应该会低一些。

要解开这个谜，我们甚至不能争论说同性恋是一种后天习得行为（learned behavior）。科学界所达成共识的是，“同性偏好”是深深扎根于生物学中的。不仅是人类，数年来，科学家们也搜集到了其它野生动物中出现的同性偏好的证据。并且就算不说动物，光是这一点跨人类种族跨文化就很能说明问题了。

上世纪90年代早期，美国国家健康研究院的一位遗传学家带头进行了一次研究，研究报告指出存在一种叫做“Xq28”的等位基因（allele），这种基因存在于 x染色体上，它决定了男性的性取向。不过后续的研究证明它的机能并不是一些人（主要为同性恋，人权主义者等）希望的那么简单，并且部分研究还让一些人（那些坚持“同性恋是后天的，对生活方式的选择”的人群）对此产生了恐惧心理。

很多试图确认 Xq28 在同性恋行为中的必要性的研究都没有取得成功，不过越来越多的人认为这种基因的确对男性的同性恋行为有一定的影响。值得一提的是，Xq28 和女性同性恋并没有什么关联。

所以比较科学的总结是，在男同性恋当中，如果过不是绝对的控制，至少同性恋取向是受到这一种或者集中等位基因所影响的。和男同性恋同理，女同性恋的发生机制应该类似，只是我们目前还没有找到“女版”的 Xq28。

除了那些直接寻找具体的，性向决定基因之外，还有一些遗传学证据也浮现了出来。一堆从研究双胞胎和亲生兄弟姐妹中所得出的数据显示，这些影响性向的基因，它们的作用机理相当复杂，要彻底了解它们我们还有很长的路要走。被收养的小孩（即无血缘关系的亲人）成为同性恋的概率要比同胞兄弟姐妹共同成为同性恋的概率小，而后者发生的概率又比孪生兄弟姐妹共同成为同性恋的概率小。

同样地，在不同国家，地区和种族中，同性恋所占人口的比例大致都相同。这些都成为了同性恋具有遗传性的证据。 不过和同性恋相关的基因到底有怎样的偏好呢？什么样的人和家庭更容易带有这样的基因呢？——我们现在还不知道。

下面是一些可能的解释：