双峰寺虽然叫双峰寺，但是没有人见过所谓的双峰。听方丈说，双峰寺最早的历史可以追溯到南宋。有两个僧人云游到此，见东西两座山峰间祥云南望，料定此地必有佛缘。走访了大村小寨，发现并没有庙宇。问起年长的老人才知道当地人管这两座山叫双峰山，据说几百年前的勐腊国有两个相交甚好的王子，同时喜欢上了南诏国的公主。公主左比比，右看看，两个王子哪里都一样好。于是让他们去雪山上找对方拿不动的巨石，谁拿回来了就嫁给谁。两个王子上了雪山，找到了巨石。每次他们搬着石头下山碰面的时候，就换过来掂量，结果都是对方搬得动。于是他们扔下对方的石头，再次上山搬巨石。两个王子就这么搬啊搬，把一座雪山搬了下来堆成了两座山，也就是现在的双峰山。老人们还说，两个王子至今还在搬巨石，还是没能分出胜负。只是双峰山每年都高起来一点点。

俩僧人听后有所感悟，经年累月，修起一座简陋的寺庙来供奉菩萨。此后庙里香火也旺过许久，四面八方都有远道而来的信众和出家人。直到一年夏天遇上了百年不见的暴雨，一下下了七天七夜，方圆数十里的地方淹的淹，死的死，逃难的逃难。来年有十来户回来的时候，东西双峰都已经滑塌，两山中间的寺庙几乎全毁。慢慢地回来的人多了就有人自发重修，但没过多久又赶上了兵慌马乱的日子。剩下的几个和尚也四处逃难去了。直到元朝太平以后，重修才一步一步重拾起来。寺庙修好以后，才有了记录在案的数代法师，长老，一直到今天的行渐方丈。